Trò chơi này đã bị cấm lưu hành ở Cuba do có nhiệm vụ yêu cầu giết Fidel Castro. Theo một trang web lớn ở Cuba, người Mỹ đã cố giết lãnh tụ của Cuba trên không gian ảo vì họ (người Mỹ) đã thất bại ở đời thực hơn 50 năm. Thực tế, "Castro" bị giết trong trò chơi này chỉ là một thế thân, còn người thật xuất hiện ở cuối màn chơi, đến năm 2016 mới mất vì bệnh.

Ngay trong hồi ức cuộc gặp với tổng thống Kennedy, Mason đã có những ảo giác về cái chết của ông và chĩa súng vào ông trong chốc lát. Ở nhiệm vụ 14 - Revelations (sự hé lộ), trong lúc tìm lại ký ức của mình, Mason đã nói những lời sau: "Tới... mục... tiêu." "Oswald... đã bị lộ." "Kennedy... John... Fitzgerald." Trước khi giết Dragovich, anh nói với hắn: "Ngươi đã cố ép ta GIẾT tổng thống của mình!" Dragovich chỉ cười đáp lại: "Cố hả?" Thêm vào đó, trong cắt cảnh cuối phần chơi đơn, anh có mặt trong đám đông chứng kiến tổng thống Kennedy không lâu trước khi ông bị ám sát, và lẩm bẩm những từ có liên quan đến vụ án này. Chúng cho thấy một nghi vấn được đặt ra từ trò chơi: Mason có thể là thủ phạm thứ hai của vụ ám sát John F. Kennedy, nhưng chỉ mình Lee Harvey Oswald bị phát hiện. Nhưng bản thân Mason không nhớ gì sau đó, vẫn đúng như Dragovich lập trình.

• Do nghi phạm đã biết duy nhất là Oswald đã bị bắn chết trên đường lấy thêm lời khai, nên mặc dù các cơ quan điều tra Mỹ đã kết luận người này hành động một mình, nhưng một bộ phận dư luận ngày nay vẫn cho rằng vụ án đã được lên kế hoạch và thực hiện bởi nhiều hơn một người. Điều này đã trở thành nguồn cảm hứng cho nhiều tác phẩm hư cấu.

Sau khi hoàn thành nhiệm vụ, Mason nghe thấy giọng của Reznov: "Cậu đã làm được, Mason! Cậu đã làm điều mà ta đã không thể!" Sau đó, khi Weaver chúc mừng, Mason chỉ đáp: "Tạm thời thôi." Đây là bằng chứng cho thấy Mason vẫn bị Reznov ám ảnh, cũng là gợi ý cho bản trò chơi tiếp theo.